Cuando hay que reparar y optimizar bases de datos mysql, podemos hacer uso de la herramienta mysqlcheck que viene incluida en la mayoría de distribuciones con los binarios del servidor MySQL.

La sintaxis que suelo utilizar para reparar y optimizar bases de datos en MySQL es:

Analizar y optimizar tablas de MySQL 5.1

mysqlcheck -Aao --auto-repair -u root -p

Analizar y optimizar tablas de MySQL 5.5 (No los soporta combinados)

mysqlcheck -Aa --auto-repair -u root -p
mysqlcheck -Ao --auto-repair -u root -p

-A aplica el comando a todas las bases de datos
-a analiza la estructura
-o optimiza las tablas
–auto-repair intenta reparar las tablas si encuentra problemas o datos corruptos

Check and auto repair MySQL databases

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