Con Ubuntu 13.10 parece que el control de volumen está roto de fábrica. Hasta el primer update, hay que buscarse un poco las castañas asi que he vuelto al pasado y tengo que usar alsamixer.
El problema es que entre sesiones no respeta las preferencias

Para guardar preferencias de volumen en Ubuntu 13.10 podemos ejecutar en un terminal

alsamixer
sudo alsactl store

Así de sencillo resulta guardar preferencias de volumen en Ubuntu 13.10.