A veces cuando se actualiza el Skype o lo reinstalamos puede resultar un poco tedioso volver a configurar los sonidos y notificaciones de Skype. Personalmente, tengo desactivadas todo tipo de notificaciones y sonidos en Skype y me gusta mantener la configuracion de Skype siempre así.

Yo uso Xubuntu en mis ordenadores de trabajo y casa, pero debería servir para cualquier instalación de Skype en Linux.

El archivo del que debemos hacer una copia de seguridad para mantener la configuración de skype es ~/.Skype/config.xml

Esta es la sección dedicada a sonidos y notificaciones, ya con ellos desactivados por completo.

    <Notify>
      <Authreq>0</Authreq>
      <Birthday>0</Birthday>
      <Chat>0</Chat>
      <ContactAdded>0</ContactAdded>
      <ContactDeleted>0</ContactDeleted>
      <Offline>0</Offline>
      <Online>0</Online>
      <OurBirthday>0</OurBirthday>
      <SMSFailed>0</SMSFailed>
      <SMSSent>0</SMSSent>
      <TransferComplete>0</TransferComplete>
      <TransferFailed>0</TransferFailed>
      <TransferRequest>0</TransferRequest>
      <VoicemailReceived>0</VoicemailReceived>
    </Notify>
    <Sound>
      <BusySignal>0</BusySignal>
      <CallFailed>0</CallFailed>
      <CallOnHold>0</CallOnHold>
      <CallRemoteHangup>0</CallRemoteHangup>
      <ChatIncomingInitial>0</ChatIncomingInitial>
      <ChatOutgoing>0</ChatOutgoing>
      <ConnectingCall>0</ConnectingCall>
      <ContactAdded>0</ContactAdded>
      <ContactAuthRequest>0</ContactAuthRequest>
      <ContactOffline>0</ContactOffline>
      <ContactOnline>0</ContactOnline>
      <DialTone>0</DialTone>
      <HangUp>0</HangUp>
      <IncomingChat>0</IncomingChat>
      <ResumingCall>0</ResumingCall>
      <Ringtone>0</Ringtone>
      <SkypeLogin>0</SkypeLogin>
      <SkypeLogout>0</SkypeLogout>
      <TransferComplete>0</TransferComplete>
      <TransferFailed>0</TransferFailed>
      <TransferRequest>0</TransferRequest>
      <Voicemail>
    <Sound>

Espero que este pequeño apunte para mantener la configuración de skype entre actualizaciones te sirva.